消費税差額の表示

【結論】
損益計算書に「消費税差額」を表示させない方法自体はあります。ただし、税抜経理のまま科目を変えても、税込経理に変更しても、控除できない消費税が費用になるという実態と利益額は変わりません。表示の問題と、負担そのものを減らせるかの検討を分けて考えることが重要です。

【表示させない方法】
1. 税抜経理のまま、期末に計上する控除対象外の消費税を「租税公課」など他の科目に含めて計上し、「消費税差額」という科目を使わない方法。会計上、どの科目で表示するかは会社の判断で変更できます。
2. 翌期首から税込経理へ変更する方法。消費税は売上・費用に含めて計上し、納付額は租税公課となるため、「消費税差額」という科目自体がなくなります。

どちらの方法でも損益はほぼ同額です（固定資産に係る控除対象外消費税は、繰延消費税額等としての処理や取得価額への算入により、費用化の時期がずれる場合があります）。

【負担自体を減らせないかの検討】
ご質問の本質は「消費税差額によって赤字になること」だと思いますので、表示よりも、控除できない消費税を減らせないかの検討をおすすめします。
1. 仕入税額控除を一括比例配分方式で計算している場合は、個別対応方式の採用を検討してください。建物の販売など課税売上に直接対応する課税仕入れは全額控除できるため、控除できない消費税を圧縮できる可能性があります。なお、一括比例配分方式は2年間の継続適用が必要なため、変更可能な時期の確認が必要です。
2. 「課税売上割合に準ずる割合」の承認申請は、たまたま土地の譲渡があった場合の救済措置であり、不動産販売業として恒常的に土地の売上がある場合には原則として認められません。
3. 上記の検討をしても残る控除できない消費税は、事業構造上の実質的なコストです。土地を含む物件の販売価格を設定する際に、このコストを織り込むことも検討してください。

まずは現在の仕入税額控除の計算方式（個別対応方式か一括比例配分方式か）を経理資料で確認し、負担を減らせる余地がないかから検討してみてください。

早速、ご回答頂きまして有難うございます。
やはり本来あるべきコストということで、損失として認識するしかないですね。
税込み税抜き、どちらに転んでも同じということで、確かにそうだよなと納得しました。有難うございました。