自己株式の消却に関する経理処理について

質問1について、費用の科目区分としては、ご記載の処理で概ね問題ないと考えます。
ただし、源泉所得税の金額については確認が必要です。

司法書士に支払う報酬については、報酬のほか、旅費等の名目で司法書士に支払う金額も原則として源泉徴収の対象となります。
今回の「交通費2,000円」は、ご質問の記載からは立替実費であることが確認できないため、源泉徴収の対象に含めて考えることになります。

一方、登録免許税等31,000円については、登記等のために国等へ納付する金額に充てることが明らかなものであれば、源泉徴収の対象には含まれません。

また、請求書上、報酬額と消費税額が明確に区分されているため、消費税3,000円を源泉徴収の対象から除外することができます。
したがって、
報酬額　30,000円
交通費　2,000円
源泉徴収対象額　32,000円

となり、源泉徴収税額は、
（32,000円－10,000円）×10.21％＝2,246円
となります。

請求書記載の源泉所得税2,042円は、交通費2,000円を源泉徴収の対象に含めず計算されたものと思われますので、交通費の内容を司法書士に確認されるとよいでしょう。

質問2については、上記の交通費が源泉徴収の対象となる場合、源泉所得税徴収高計算書の「支給額」は32,000円、税額は2,246円となります。

なお、交通費2,000円が実際の立替実費等で、源泉徴収の対象に含めないことができるものであれば、支給額30,000円、税額2,042円となります。

会社が税込経理を採用していることと、源泉徴収の対象となる支給額の判定は別になります。

髙畑智子税理士事務所
髙畑 智子先生

お忙しい中、時間を割いて長い質問にご回答頂きありがとうございます。「交通費2,000円」について請求書を確認しましたら、立替実費精算と記載がありましたので、源泉徴収の対象に含めないことができるとして、税額2,042円で処理しようと思います。専門の先生からの回答を受けてモヤモヤしていたものがスッキリし本当に感謝しております。改めてありがとうございました。

税込経理の費用額と、源泉徴収の対象となる報酬額は分けて確認します。司法書士への旅費等も原則として対象となり、国へ納める登録免許税等に充てることが明らかな金額は区別します。「立替実費」と記載されていても、旅費の負担方法や支払先等の事実を確認することが大切です。消費税額が明確に区分されている場合の取扱いも踏まえ、請求書と実費明細を近くの税理士事務所に示し、徴収高計算書の支給額と税額が対応するか確認されるとよいでしょう。