健康診断費用を上限まで会社負担とする形式がインボイス含め福利厚生費として問題ないか

お世話になります。

ご質問に対する回答）
　↓
－－－－－
①
平等に1万円であれば問題はないでしょうか？

　↓
はい。特に問題ありません。

なお、全員1万円とする必要はなく、役職や勤続年数などに応じて平等に差を設けることも認められます。

また、基本的には勤務先から医療機関に対して直接払いが望ましいと考えますが、従業員の立替支払→後日精算であっても認められる旨が、国内最大級の税理士集団の全国会のQAにて解説されています。
－－－－－
②
消費税的な問題は生じないでしょうか。

　↓
はい。問題ありません。
その従業員の健診代の一部を支払っているときでも、事業者が実際に負担した部分の金額のみが課税仕入れの対象として課税仕入れに該当し、当該他の事業者から受領した適格請求書及び一定の記載をした帳簿の保存により仕入税額控除を行うことが可能です。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/94-4.pdf
－－－－－
③
名簿等により立替払を行う従業員が特定できれば、仕入税額控除できるとされています。
なお、医療機関における健康診断の取引は、簡易インボイスを交付できると個人的には考えます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/94-2.pdf
－－－－－


他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。

社員全員に対して「1年に1回健康診断費用を上限1万円まで会社負担とする」と規程

全員なので問題はなく福利厚生費にできる。
安心ください。
消費税は課税にして問題はない。
上限の規定に、消費税込みで10,000円と記載ください。