食事代補助について

ご質問の場合、前者の取扱いとなります。

食事の現物支給に係る所得税の非課税限度額は、2026年4月1日以後に支給する食事から、月額3,500円から7,500円に引き上げられました。

したがって、貴社の2026年9月期については、次のようになります。

・2025年10月～2026年3月：月額3,500円
・2026年4月～2026年9月：月額7,500円

今回の改正は会社の決算期ではなく、食事の支給時期によって適用されます。そのため、10月～9月の全期間について7,500円を適用することはできません。

なお、非課税となるには、従業員が食事代の半額以上を負担していることなど、従来からの要件も満たす必要があります。

また、今回の限度額は食事の現物支給に関するものであり、食事代を現金で補助する場合には、原則として給与課税の対象となりますので、ご注意ください。

結論から申し上げますと、「10月～3月は3,500円、4月～9月は7,500円」となります。事業年度全体（10月～9月）にさかのぼって7,500円を適用することはできません。

なぜ月ごとに分かれるのか、その理由と実務上の重要ポイントを整理いたしました。

【1】会社の決算期ではなく「支給月」で判定する理由

今回の食事補助に関する非課税限度額の引き上げは、所得税基本通達の改正によるものです。
適用関係において「令和8年4月1日以後に支給する食事」から新上限（月額7,500円）を適用することと定められており、それ以前に支給された食事については従来の「月額3,500円」が適用されます。
また、所得税の源泉徴収（現物給与の課税判定）は、会社の事業年度（決算期）とは関係なく、各月の給与計算（支給時点）ごとに行うのが原則です。そのため、9月決算の会社であっても、期首の10月にさかのぼって年間全体を7,500円枠で計算することは認められません。

【2】月ごとの枠であり、年間通算や繰越は不可

食事代の補助は、あくまで「その月ごとに枠内に収まっているか」で判定します。
・年間でまとめて枠を計算すること（例：3,500円×6か月＋7,500円×6か月＝年間66,000円の枠として通算すること）はできません。
・ある月に使い残した枠を翌月へ繰り越すこともできません。
したがって、各月の会社負担額が、3月までは月額3,500円以下、4月からは月額7,500円以下に収まっている必要があります。

【3】非課税運用の必須条件と実務上の注意点

限度額は引き上げられましたが、非課税とするための根本的な要件は従来どおりです。以下の点にご注意ください。

◆ 従業員の50％以上自己負担が必須
会社負担が月額7,500円以下であっても、従業員本人が「食事代総額の50％以上」を負担していなければ、会社負担額の全額が給与として所得税・住民税の課税対象となります（社会保険料の扱いは別の基準で判定されます）。

◆ 1円でも超えると「全額」が課税対象
会社負担額が月額7,500円を1円でも超えてしまうと、「超えた部分だけ」ではなく「会社負担額の全額」が給与として課税されます。

◆ 金額の判定は税抜きで行う
月額7,500円の枠は「消費税を除いた金額」で判定します。お弁当などの軽減税率（8％）であれば税込8,100円、外食などの標準税率（10％）であれば税込8,250円まで会社負担が可能です。

◆ 現金支給や換金性のあるものは対象外
給料に「食事手当」などとして現金を上乗せ支給した場合は全額給与課税になります。社員食堂、仕出し弁当の現物支給、または換金性のない食事券や専用決済サービスなど「食事そのものの現物支給」の形態をとる必要があります。

4月以降の支給分から月額7,500円（税別）を上限として補助額を見直し、社内規程の改定等を進めていただくのが適正な処理となります。

少しでもお役に立てましたら、ベストアンサーに選んでいただけますと幸いです。