営業利益の算出方法

損益計算の方法としては、事業部制、部門制、等々あると思いますが、法人税法上は、益金から損金を差し引いた所得が課税対象になります。

合計が利益で問題ないと思います。
棚卸の評価方法については、個別に評価することが困難であれば、売価還元法がわかりやすいと思います。

決算書の表示の仕方は下のような感じになりますでしょうか。

Ⅰ 売上高
1 商品売上高
2 役務収益
合計

Ⅱ 売上原価
1 商品売上原価
(1) 期首商品棚卸高
(2) 当期商品仕入高
合計
(3) 期末商品棚卸高
差引
2 役務原価
合計

売上総利益

Ⅲ 販売費及び一般管理費

営業利益

役務利益 役務原価はサービス業に使う科目です。
コンサルティング売上 コンサルティング原価 等の内容を示す科目も税務会計では使われます。

売上総利益や営業利益は合算して表示するのが慣行です。会計ソフトもそうなっています。

会計ソフトの方で部門別に管理し、粗利や営業利益を把握するといいと思います。

売価還元法の件ですが、利益率が同じくらいの商品がたくさんある場合に向いていますが、仕入先によって利益率が違ってくる場合には正確さの面では劣ります。
衣料品の在庫は売り値が下がることが多く、衣類の販売業は在庫管理がとても重要になります。当面、売価還元法を使うとしても将来的には販売管理システム、購買管理システムを導入し、最終仕入原価法等の採用をお考えにになったほうがいいと思います。