自分宛ての受領書を書くことの意味

B社の宛名の領収書にサイン等して交付する義務はありますね。
実際に受領しているのですから。

宛名がご自身、サインもご自身、という領収書の発行義務はありません。あくまでB社に対するものですね。
とB社宛にして返送されてはいかがでしょうか。

であれば、特にあとくされがありません。

A社とB社の取引関係を確認して、書類に確認すべきと思います。
相手の顧問税理士に理由を確認した方がよいと思います。

A社とB社の取引関係を確認して、書類に確認すべきと思います。⇒
書類に署名押印すべきと思います。

なんとなく胡散臭いように感じます。

相田先生、富樫先生、ご回答ありがとうございました。
現在、先方の顧問弁護士から説明を頂きたいと考え、連絡先を教えてもらうように依頼しています。
昨年４５００万円位の設備購入した私（個人事業主）のことをお客さんと思っていないような人間で、何か都合が悪いことがありそうですし、教えてもらえるかわかりません。
自分宛ての受領書を私が発行し、先方が保管することで税務監査で問題が発生した場合など、私自身に影響がないかを危惧しています。

先方の弁護士に詳しく確認された方がよいと思います。
・A社からB社に変更となった理由
・受領書が必要な理由(振込であれば不要と思います)
・預り金の受領書であれば、振込する必要がないと思います。

内容は特に確認する必要はありません。

警察ではないのですから。B社から受け取ったのであれば、B社宛の領収書を交付すればこれらに振り回されることは無いのですから。

振り込みであっても領収書交付請求があったら交付と思いますし。

拘泥する必要はないですね。

なぜか、無用な反論をする人がいますが、意図が理解できません。
きちんと説明を聞いて、納得して、対処した方がよいと思います。