交通費精算について

こんばんは。仕事復帰されたされたとのこと、おめでとうございます。
ある税理士さんが「自腹でないといけない」と言っているのは、新幹線代がご質問者様の給料に該当してしまい、所得税（源泉税）の対象になる可能性があるという意味ではないかと予想します。会社が交通費精算をして会社負担にするというのはその会社の判断ですので、ご質問者様の自腹にする必要はないかもしれませんが、それが給料に該当するかどうかの話は必要だと思います（ご参考：ご質問のケースは通勤の為の新幹線代ではないのかもしれませんが、もし通勤手当と判断できる場合には、一定額までは非課税です）。

ご回答ありがとうございます。
非常に助かりました。