貸借対照表で車両運搬具がマイナスになることはありますか？

車両がマイナスとは、減価償却費を未償却残高以上、計上していませんか。
確認されたら良いと考えます。

会計ソフトを使用されているのでしたら、総勘定元帳で車両運搬具を選択してみてください。おかしな仕訳が貸方に入っていれば、その仕訳を修正すれば直ります。

車両がマイナスとは、減価償却費を未償却残高以上、計上していませんか。
確認されたら良いと考えます。
＞ありがとうございます！確認してみます。

会計ソフトを使用されているのでしたら、総勘定元帳で車両運搬具を選択してみてください。おかしな仕訳が貸方に入っていれば、その仕訳を修正すれば直ります。
＞ありがとうございます！ソフトを利用しており、総勘定元帳を確認しました。個人事業主のため、車両運搬具を按分しており、借方には減価償却額、貸方には減価償却金額を按分した事業分の減価償却額があります。

他に仕訳が入ってないようでしたら、
山中先生のおっしゃるように減価償却額が過大となっている可能性があります。固定資産管理の画面で按分割合や過去の減価償却額があっているかなどを確認してみてください

もう一度確認したところ、借方：事業主貸、貸方：車両運搬具となっている仕訳が、毎年ありました。金額は、各年度、減価償却費の3か月分ずつでした。こちらが間違いなのでしょうか？

「借方：事業主貸、貸方：車両運搬具」
の仕訳は家事用部分の処理をされていると思われます。この仕訳の他に事業用部分として
「借方：減価償却費、貸方：車両運搬具」
の仕訳が計上されているようでしたら、処理方法自体は合っています。
取得価額(家事用分を除いて計上していないか)と減価償却の設定(償却方法・毎年の償却額がおかしくないか)を確認してみてはいかがでしょうか？