社長個人宅の車庫建設費を会社支払いにしている件について

回答します

　「１」に関して
　個人宅の増改築（車庫増設含む）に関する費用は、その所有者が負担すべき者であり、その費用を会社の経費に計上（会社負担）することは「私的流用」というよりも、その個人に対する経済的利益となり、給与課税の対象となります。
　今回の費用は、社長の個人宅のにかかるものであるため、社長から費用を回収しない場合は「役員賞与」とし取り扱われ、税務上は会社の経費にもならず、かつ、社長の給与課税もされます。

　「２」に関して
　　一旦会社が会社の経費ではなく、単に立替払いしたのであれば、当然返金していただく費用になりますが、どのような約束になっているかにより処理方法は異なると思います。
　　①会社が社長個人から借り入れをしているのであれば、借入金との相殺にする。
　　②後日、毎月の役員報酬から返済を受ける（金額が大きい場合は「金銭消費契約書」など借用証書を作成したほうが良い）
　　など、処理方法はさまざまであると思います。
　　確認をした上での処理を行ってください。