法人税申告書の修正

基本的には、申告書の出し直しという制度はありません。
ただ、内容次第ではないかと思います。

課税所得又は欠損金、税額が間違っているのであれば、過少申告の場合は修正申告、過大申告の場合は更正の請求です。

これらの数値が動かないのであれば、法令上の規定はありません。
例として、本来、納税充当金を70,000円計上するところ、80,000円を計上していたが、申告書の利益は70,000円の計上としての利益で、損金計上納税充当金の否認額は70,000円だったとしたら、申告書と決算が異なっていますが、直したところで、課税所得又は欠損金、税額は変わりません。
この場合、申告書別表を作り直し、差し替えをお願いするのがいいと思います。

課税所得又は欠損金、税額が異なってしまえば、直す方法は少申告の場合は修正申告、過大申告の場合は更正の請求です。
ただし、その原因が５年より前の期であれば、申告書の修正はできませんから、次の申告書の利益積立金の繰越額を直すだけです。