短期借入金のマイナスをなくしたい。

会社の状況によるのですが、順次会社から個人に返済されていくことが良いかと存じます。
少し回答になっている自信はないですがよろしくお願いいたします。

　Ｆｒｅｅｅソフトでの入力との事ですので、考えられる点は
１、立替払い沿ている経費の入力の際に経費の反対勘定を事業主借勘定で行っている。
２、立替払いの経費が全て入力されていない。
３、立替払いの経費の反対勘定が短期借入金以外の科目になっている

等考えられますがいかがでしょうか？
経費がちゃんと入力できているのであれば、反対勘定も入力されているはずですので、レポートメニューから試算表をチェックして異常な数値がないか確認することをお勧めします。