課税対象について

　回答します

　今回の「初期費用」に関しては、所得税の課税対象となると考えられます。

　原則、従業員が個人契約により支払う「本人が負担すべき費用」を会社が負担した場合には一種の手当として給与課税の対象となります。
　なお、当該初期費用の支払いが就職前に支払うべきものであった場合は「支度金」の一部として考えられ「雑所得」に区分され、支払われる額の10.21％の源泉徴収が生じます。
　今回のケースでは、就職してからの会社負担であるため「給与所得」として課税の対象となると考えらえます。

　蛇足ですが
　なお、会社が社宅として賃貸契約し費用を負担した場合は「経済的利益」として課税の対象となります。ただし、経済的利益の場合はある一定の条件を持たした場合は給与課税の対象としない取扱いがあります。

　例えば、
　会社契約の借上げ社宅で、賃貸料相当額10万円の家賃の半分を会社が負担し、残り半分（5万円）を本人負担（給与からの差引）とした際には、給与課税は行わなくても良いことになります。
　しかし、個人契約で10万円の家賃のうち5万円を「手当」として支給された場合は給与課税の対象となります。
　このように実質的には同じであっても。社宅の貸与（経済的利益）と現金支給とでは、課税の考え方が異なっています。

　国税庁HPから「使用人に社宅や寮などを貸与したとき」を参考に添付します。
　給与として課税される範囲の（３）を参考にしてください。
　https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2597.htm