不動産売却による計算について

原則として①譲渡所得金額=②譲渡価格ー（③取得費＋④譲渡費用）となっているのは理解できますが

→これは個人の譲渡所得の計算です。法人は総合課税であり譲渡価額－譲渡時の帳簿価額が収益（益金）又は損失（損金）になります。

以下の費用はこの計算式に含まれるのでしょうか？

→上記の通り、法人の資産の譲渡損益の計算の前提が間違えています。

a)築古戸建のDIYリフォーム費用（DIYのため、工務店の見積や請求書等は存在しません。材料購入の費用については領収書等で証明できます）

→これらの支出は固定資産の取得価額に含めていれば上記の譲渡時の帳簿価額に含まれている筈であり、費用（損金）処理していれば支出時の費用（損金）になっている筈です。

b)購入時の仲介手数料や不動産取得税、登記費用など

→仲介手数料や登記費用のうち司法書士の報酬は購入時に取得価額に含めるのが原則なので、上記の譲渡時の帳簿価額に含まれている筈です。
不動産取得税や登記費用のうち登録免許税は取得価額に含めていれは上記の譲渡時の帳簿価額に含まれている筈であり、費用（損金）処理していれば支出時の費用（損金）になっている筈です。

一番上の回答の通り、根本的に法人の資産の譲渡損益の計算のご認識が間違えています。