法人市民税　指定管理者

そもそも、法人税の申告は、本店で行いますから、２箇所以上になることはありません。

あるとすれば、県税事務所と市町村の申告です。
支店、事業所などがあれば、申告が必要になります。
例えば、公園の管理、その公園に管理事務所を設けて、そこに人を常駐させれば、事務所と評価できますから、申告が必要になります。
ただ、近くの支店から、１日１回とか複数回見回る、その公園には人は常駐しないというのであれば、その公園に事業所があるとは評価できませんから、申告は不要です。