通販管理業務の事業区分について

おっしゃる通り、ECサイトの管理業務は第5種と考えられます。
ハンドメイド商品の販売は卸売なのか小売なのかによって、第1種もしくは第2種に分類されます。（一般消費者のみに販売の場合は第2種が妥当）

簡易課税制度は特例で、
2種類以上の事業を営む事業者で、1種類の事業の課税売上高が全体の課税売上高の75パーセント以上を占める場合には、その事業のみなし仕入率を全体の課税売上げに対して適用することができます。
というルールがあるため、相談者様の場合、第5種のみという選択も可能です。

ただし、みなし仕入れ率の関係上、ハンドメイド→第1種もしくは第2種、ECサイトの管理業務→第5種として計算した方が税金的には有利になるかと思います。

ご回答ありがとうございます。
一般消費者のみの販売なので第2種のようです。
店舗での委託販売やお店へ卸した場合はその分だけ第1種になるということでしょうか。
第2種と第5種ではみなし仕入率がかなり違うのでそれぞれの区分で計算したほうが良さそうですね。
ありがとうございました。

卸売と小売が混在している場合には、原則その売上区分に応じて第1種もしくは第2種を判断することになるかと思います。