海外事業者向け国内販売の消費税取り扱いについて

外航船に残った分は輸出扱いで免税になり仕入税額控除の対象(当社は課税事業者)にできると思っていますが正しいでしょうか。

輸出免税の証明書が出なければ、国内販売ともとれます。
一度、外航船にかかわる税関の担当者に、輸出免税かどうか聞いてください。
使用された分は国内消費分なので販売先である商社が海外企業だとしても消費税を請求に含めるという理解であっておりますでしょうか?
国内なら、輸出証明書がなければ、記載が正しいです。

またその場合海外商社と海外オーナーとの間での日本の消費税の取り扱いや海外商社(日本にPEなし)の仕入税額控除の可否ならびに可能であれば控除算入させる条件をご教示いただきたくよろしくお願いいたします。

海外商社やオーナーが、日本の消費税の課税事業者かどうかだけです。
そうでなければ、控除の申告もできません。
よろしくお願いします。

外航船に積み込まれる船用品の譲渡は輸出とみなし免税取引（免税売上）となります。
（租特法第85条第1項）
輸出証明は、税関長から承認を受けた事実を証する書類（船用品積込承認書）を保存して行います。
（消法基通7-2-23(4)）
輸出証明がなければ、10%課税売上です。

試運転により国内で消費される分について、輸出証明がなければ、10%課税売上と存じます。

さて、貴社は販売する側ですので、
仕入税額控除というのは、潤滑油の製造原価の取り扱いのことでしょうか。
そうであれば、原材料の仕入れ先が適格請求書発行事業者であり、消費税の課税取引であれば、仕入税額控除が可能です。

◆関連条文・通達
・租特法第85条第1項
・関税法第2条第9号
・消法基通7-2-23(4)
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shohi/07/02.htm
・消法基通7-3-1～7-3-3
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shohi/07/03.htm

皆様ご回答ありがとうございました。