マイクロソフト　リスティング広告　消費税について

貴社が「原則課税」事業者であり、「課税売上割合が95％以上」とのことですので、基本的には仕入税額控除を受ける体制を整えておくのが望ましい状況です。
マイクロソフト広告を打たれたということで、支払い先や請求書の発行者、役務提供者の所在地（国内か国外か）、請求書が適格請求書かどうか、適切な税額・税率・登録番号が記載されているかなどを確認してください。
もしその広告支出が「国外事業者からの役務提供」であった場合には、リバースチャージ方式の対象となる可能性があります（この場合でも仕入税額控除が可能ですが、原則とは異なる手続きとなります）。 
反対に、支払い先が国内事業者であり、適格請求書を得ているなら、通常の「課税仕入れ」に該当し、仕入税額控除が可能な経費支出と言えます。
ただし、請求書が適格請求書でなかった、あるいは取引先が適格請求書発行事業者でなかった等の場合、その消費税を控除できない「控除対象外消費税額等」として処理する必要がある点にご留意ください。