タクシー乗務員が納めている消費税は還付金請求できるのでしょうか

消費税額の計算の結果、納付額が過大であった場合には消費税の還付を受けることができます。
過去の消費税が誤って納めすぎていた場合は更正の請求という手続きで還付の請求をすることとなります。

素人の私には、どのような場合に納付額が過大と評価されるのか判断基準がわかりませんが、タクシーの場合は税込みの料金ですので、売り上げから消費税分が引かれて、その上でのマージンが所得になる仕組みです。

会社との契約が雇用契約なのか、個人事業主契約なのかによって変わってくるかと思われます。
雇用契約でしたら、売上は会社のものとなり、マージンは給与となりますので乗務員さんには消費税は関係ないこととなります。
個人事業主としての契約でしたら、売上は乗務員さんのものとなりますので、そこから引かれるのは「消費税」ではなく、会社の収入という扱いになります。引かれる額は会社との交渉で決めることができるはずです。

有り難うございました。嘱託契約などという契約は一般的に高齢者の再雇用に使われるもので、法律上存在しない雇用契約であり、立場が曖昧で有ることをご理解いただける税理士さんでなければ意味が理解頂けないと思います。