棚卸をしていないのですが消費税の申告はできますか？

質問内容から質問者様の状況が把握しきれません。
アドバイスさせていただくとしたら、ビジネスをやる以上は早く専門家に顧問を依頼することです。

会計ソフトやエクセルは集計はしてくれますが、法令解釈や指示はしてくれません。また、インターネット上の情報は発信側の都合により、ほんの一部の情報しか表示されていなく、検索側の知りたい情報がある訳ではありません。
以上、誤解なきようご理解ください。

棚卸は帳簿でもできるのですが、そういう帳簿システムでなければ、もう過去の分はわからないと思います。これからやるということでいいのではないですか。もし税務署が決定してくれるなら　それに従えばいいです。棚卸ゼロで消費税の申告書をつくって、申告すればいいと思います。税理士に頼むのも役にたちます。

ご返答いただきありがとうございます！
棚卸が帳簿でできるシステムではないため、棚卸ゼロで申告書を作って税務署に行ってきます。
税務署で決定してもらう事柄に不安はありますが、正しく前に進むしかありません。
今後はプロの方にもっと相談し、落ち度のないように勤めて行きたいと思います。