請求書の分割について

本件、御社が取引先様に総額200万円の商品を納品するにあたり、本当は取引先様1社に納品するのに、書類上は取引先様の関係先3社に分散せよと言われた、という理解でよいでしょうか？
「実態に沿わない処理はできない。稟議については待つ」と回答するのが安全です。

実は、貴社にとっては税務上のリスクはありません。
売上の抜け漏れは生じませんし、固定資産税（償却資産税）についても取引先様側の問題だからです。
しかし、稟議逃れでこのような取引を持ち込んでくるような取引先様は、例えば納品時期と書類上の売上時期をずらすなど税務上リスクのある取引を持ち掛けてくる恐れもあります。
きっぱり断るべきでしょう。

なお、ご懸念の取引先様での償却資産税の処理ですが、200万円分の商品が不可分なのであれば、共有している資産として申告することになります。
以下東京都の場合、アドレスのQ30のとおりです。

ふつうは1つの資産のためにわざわざ共有の申告書を作ることはしませんから、後からほか2社から商品を買い上げた様に見せかけた処理をするのでしょう。
これもまたかなり裏技的ですから、法律的には問題ないが、内部統制や信義則の面で「受けないべき」となります。

お忙しい中、早急に回答いただきましてありがとうございました。ご丁寧に共同資産の説明までしていただきスッキリしました。私の求めていた回答です。とても理解し納得することができました。