ヘルプ手当の口頭契約について

　　ご質問は大きく2点　

　　１　ヘルプ手当が手渡しではなく振込なのはなぜか
　　　　（すぐ支払いがないのは問題ではないか）

　　２　時給が上がった分の税金が徴収されているのは疑問　　という内容と推察します。

　　「１」に関しては、コメントは出来かねます。
　　「支払った」ことを明らかにするために振込としたのではないかと思います（税務調査で否認されないため）。ただし、双方の認識の違いがあったようですので、会社の方は事前によく説明すべきだったと思います。

　　「２」について、時給（給与）があげれば徴収（天引き）する税額が増加するのは普通です。
　　所得税法では累進課税が適用されているため、給与の額が増加すればその分徴収する税額は増加します。

　　　なお、貴方が、通常そのお店に勤務をしているのであれば、その勤務先に「扶養控除申告書」を提出していると思いますので、税額表「甲欄」を使用しますが、当該ヘルプ手当が、別途通常の給与とは別に支給される時には「賞与」として課税された可能性があります。

　　　また、臨時にお仕事をされた時には「扶養控除申告書」の提出はないとして、税額表「乙欄」を適用した場合には、最低でも3.063％の税率で所得税が徴収されることもあります。（お店が関連したとしても、法人として別のケースもあります）

　　給与の金額など詳細が不明ですので、考え方のみお伝えいしました。