クライアントから一部給与にと言われています。

税務上は、事業所得になりそうですね。例え、給与として支給されても、実態ベースですので。
申告にあたっては給与分も事業所得に含めて申告するのも一案です。ただ、消費税が付かない報酬になるためその分を含めた給与設定が望まれますね。

他、実態の説明が負担であれば、給与所得として申告するのも一案です。ただ、実態は事業所得なのに給与とすると給与所得控除の利用もありますし、意図せぬ節税、回避と看做されるリスクがあります。

やはり実態に即して給与所得か、事業所得か検討の上、実態に即した申告が宜しいのかと存じます。

実態うんぬんではなく、雇用契約の場合は、給与所得となります。

ご回答ありがとうございます。
税理士さんでも意見が分かれるということなのでしょうか。

＞実態の説明
というのは税務署に対してということでしょうか。

分かれないと思います。
雇用契約が、実態でないと説明できるでしょうか。

よく争いになり、実態に応じて判断される、というのは専門誌であったり、判例であったり、裁決であったり、税理としては常識の部類ですね。

それぞれの判断があるようです。

論点として、消費税に影響すること。
また、給与控除65万を利用できること。

ということで、国税内の取り扱いとしても、実態に応じて給与と外注費を注意する、というのは税務調査時の重要項目として取り上げられております。

税理士であれば、TAINZという日本税理士会が運用する判例、文書開示請求等を経た、内部管理資料等で過去から、継続的な論点となっているものですね。

税理士の中で見解はほぼ分かれることは無いのかとは存じます。

実態の説明について確認したことで最初にお聞きしたかったこととずれてきてしまっているようです。
申し訳ありません。

一番お聞きしたいのは、
一つの会社から給与（再委託禁止案件分）と報酬（それ以外の案件分）という２つの支払い方法で所得があって問題があるのかないのかです。

ご返信ありがとうございます。
契約があり、課税逃れでなければ、給与と報酬で問題ないと思います。

名目、契約ではなく、あくまで実態に即して判断、申告することになります。
名目が給与であっても、実態が請負であれば、事業所得になります。

実態を確認の上、実態に即していれば良いでしょうし、即していなければ問題があります。

お互いの契約があり、重大な課税逃れがなければ、税務当局は認めると思います。
給与か請負かは、古くから議論されていて、ある程度の結論は出ています。雇用契約があれば、給与以外の考え方はありません。
意見が分かれる点については、税務署にご確認ください。