契約者変更した生命保険の課税について

契約者貸付金と保険料負担割合は別物と切り離してお考えください。
＞保険料負担割合によって所得税と相続税に按分される

その通りです。

＞母の負担割合は実質200万になるのでは

掛けている保険料を担保としてお母様が契約者貸付を受けていらっしゃると捉えて下さい。そうお考えなさるとお母様が受けていらっしゃる契約者貸付金100万は単にお母様が保険会社から借りている借金です。
保険料負担割合とはなんら関わりのないものです。

早速ご回答いただきありがとうございました。追加で申し訳ないのですが、そうなるとたとえば1000万円の保険金から契約者貸付の元利合計150万円が差し引かれて払われた場合は、受取保険金額850万円をベースに保険料負担割合で按分されるという解釈でよろしいでしょうか。

＞最初に保険料負担者の割合によって所得税と相続税に按分
というご質問に対して、その通りとお答えしました。

例えばのご質問に対してですが、
保険金1000万円は死亡保険金という前提でお答えさせていただきます。
お母様がご負担された保険料の割合による保険金は、お母様の所得税対象になり、ご質問者がご負担された保険料の割合による保険金は相続税対象になり、実質的には指定された受取人が受け取り、相続税の対象になります。
契約者貸付金(元利合わせて)は150万は前回ご回答させていただきましたとおり、お母様の借金ですので、課税対象になりません。ただしお母様が保険会社に返済義務があります。
実際は契約者貸付金(元利金)を差し引かれて850万円入金になりますが、
税務上の取扱いは上記のとおりです。

念のためですが、平成30年1月1日から保険会社から税務署に保険金や解約返戻金の支払いがなくても、契約者が死亡し、契約者の変更があった場合は支払調書 「保険契約者等の異動に関する調書」が提出されることになりました。
また、上記、契約者が死亡していない場合は 「保険契約者等の異動に関する調書」は提出されません。ただし、保険金支払時の支払調書の記載事項が見直され、過去の契約変更が税務署に把握されるようになりました。
詳しくは国税庁のホームページでご確認できます。