2020年に1月、2日分だけ有給で退職。

通常は、不足分を会社に支払わなければなりません。退職金が支給されるならば、そこから天引きされることもあります。
退職金の無いケースでは、不足分を退職金とすることもございます。
会社の裁量次第です。
よろしくお願いいたします。

社会保険料は、前月分を控除します。
また、被保険者でなくなる日は、退職日の翌日です。
社会保険料は、月末に被保険者でないときは、その月の社会保険料は要らないのが原則です。

給料の締日と、支給日を考えてください。
月末締め、月末払いは、給与を計算する時間がないため、適用しているのは従業員数名規模ぐらいしかないと思いますが、月末までいれば社会保険料を必要となるものの、１ヶ月在籍していますから、２ヶ月分を控除するのに支障がないでしょう。

月末締め、翌月○日払いで月末退職なら、控除するのは前月分ですから控除するのは１ヶ月分で、控除に支障がありません。
その月たった２日しかいなければ、その月の社会保険料はありませんから、控除するまでもないのです。

とはいえ、無給の休暇直後の退職は、控除に困ることもあり、この場合は、本人から徴収するのが原則です。
本人から徴収できなければ、退職金を払ったことにして、そこから徴収という処理もあり得ます。