個人事業主として技術顧問契約を結ぶ際の税務上の問題

　まずは私法上の契約に基づいて取引が行われます。今回の場合売り上げの5割以上という契約ですね。
　次に税務上の適否ですが、この料率が5割以上というだけでは判断できず、内容を精査して、真の法律行為、例えば寄附とか、債務弁済とか、個人的な費用とか、支払についての判断がされます。
　逆に、特殊なノウハウや特許などの独占的な地位があるものの営業ノウハウがないため、質問者様が営業を行うなどの場合は、当然原価率が高くなると考えられます。
　なので一概に5割以上というだけでは、判断できません。

丁寧なご返事有難う御座います。
今回顧問の方に技術的な営業活動を実施頂き、仕事をいただく形になります。
その顧問の方でないと仕事をいただくのが難しい分野のため5割以上となっております。

それでは何の問題もないのではないですか？
税務当局よりお尋ねがあったときには、その根拠を説明すればいいだけの話です。
モノがあるかどうかでやはり慎重に判断されると思いますが、例えば反復的に大量の商品を売るような商取引であれば、利幅も少なくなる（いわゆる薄利多売）でしょうし、オーダーメイドの取引は、それなりの利幅をとらなくてはならないでしょう。それのサービス版だと思います。