ラーメン店を義理の父と2人で開業予定です。従業員もしくは委託業務どちらで働いた方がお得でしょうか？

こんにちは。
ラーメン店の開業をなされるということでおめでとうございます。
ご質問の件ですが、お父様が個人事業主となったときに、相談者様はお父様の指揮命令監督下において仕事をされると思われます。そうなりますと、委託業務という行為は存在せず、あくまでも従業員として働いて受け取る給与となります。
過去においては、消費税の関係で、相談者様の様な考えを持たれる方が多くいらっしゃいましたが、税務当局ではそのような考え方には否定的です。
もしも共同経営者という立場を貫きたいと考えるのであれば、株式会社又は合同会社の設立をされることをお勧めいたします。その上でお二人が代表取締役となることしか方法はないと思われます。
一番簡単なのは、当初の方針通り、お父様が個人事業主として相談者様がその従業員となることだと思います。
その上で、収益が上がってきたら、その時点で法人成りを考えても宜しいのではないでしょうか。