赤字の場合の確定申告について

赤字分が持ち出しになっている、ということは、事業的規模ではない不動産経営だから雑所得で申告されている、ということでよろしいでしょうか？5棟もしくは10室基準以下、ないしはおおむね収入300万以下ということですね。事業的規模の不動産所得であれば、所得合算されるので、不動産の赤字と給与が相殺されますが、雑所得の場合はマイナス所得が認められないので、相殺はできません。
納得できないなら、法律を変えて下さい。そういうレベルの話しです。

赤字なのに課税されているなら経費計算が間違っているはずです。見直して下さい。

本業の会社員収入で補填をして返済をしており、赤字経営です。

ローンを経費と考えて、赤字というのは、間違っていると考えます。
ローンは借金の返済です。
いろんな考え方が、腑に落ちません。
給与は給与所得で、会社で一応の課税関係は、終了のようには思っても、ほかの所得があれば、ある意味仮計算です。
不動産の所得があれば、それに＋して、所得が増えます。
合計の所得について、税金の計算をして、年末調整で、納めた、所得税を引きます。
税法は変えるようなものではないように思います。
思い違いをなさっているように思います。
しっかりと、近くの税理士会などで、税法のことを聞いてください。