マンション建替時差額が戻ってきた時の申告

立替の際に、差額金の話に加え、税金のかかり方についても通常は説明があったと思います。
不動産を売却した収入（一部受取）であれば、分離長期譲渡所得に区分されるのが一般的です。
しかしながら、差額ではなく総額を収入とする課税計算になるケースも多くありますから、すべての書類を持参の上、お近くの税理士に相談されることをお勧めします。
土地開発に関する特例や権利変換に関する特例などの該当がないケースでは、売却物件の総額で計算するという意味です。
すでに、差額分申告で足りる旨の税法整理がされて、売却時に説明を受けている場合であれば、差額を収入とする申告になるかと思います。

ご返信ありがとうございます。
今回のマンション建替の部屋の取得は権利変換に該当するようですので、建替組合に税金について今一度確認してみます。
理解不足で拙い質問をしてしまい、すみません。そして、お早い回答をありがとうございました。

こちらも安心しました。
一般的に地権者の方が「権利変換」というフレーズをご理解されている時点で、高い確率で大丈夫だと思います。
貴殿のようにご確認までされると盤石だと思います。
参考として、
権利変換のケースは、今回譲渡した物件の書類と権利変換の取得書類の両方を以後保管することをお勧めします。今後の計算で役立つからです。