税務署からの指摘

指摘をするかどうかは税務署が判断することですので税務署にしかわかりません。
仮に指摘されても契約書等で証明すれば済む話だと思います。

お返事ありがとうございます。仮に税務署からの連絡がくる場合は税理士さんをお願いしている場合は税理士さん経由で、個人で確定申告している場合は個人へ連絡がくるという認識で合っていますでしょうか？

通常の連絡や照会は、申告書に税理士の署名があれば税理士にくるのが一般的です。
税理士の署名がなければ納税者にきます。

税務調査の通知は、依頼した税理士が税務権限代理証書を添付しその証書で調査の通知に関する同意をしていれば税理士にきますが、同意をしていなければ納税者にきます。

なるほど。税務に疎く困っておりましたのでとても分かりやすくお答えいただき助かりました、どうもありがとうございます。