夫の扶養から妻と子供が抜けることにした場合の、年末調整と確定申告との違い。

お子様が16歳以上の前提で回答します。
旦那様の税法上の扶養から質問者様とお子様が外れると、旦那様は配偶者（特別）控除や扶養控除が減るため、その分税額は増えます。
一方、質問者様がご自身の扶養にお子様を入れると、質問者様は扶養控除の分だけ税額が減ります。

今回の場合は、年末調整で、旦那様が質問者様とお子様を扶養から外す申告をし、質問者様がお子様を扶養に入れる申告をすれば問題ありません。

一方で、現状のままで年末調整をしたとしても、旦那様が確定申告で扶養を外す申告をすれば問題ありません。

ただし、旦那様・質問者様が年末調整の際、双方でお子様を扶養に入れて申告をした場合には、お子様をいずれかの扶養にしかいれることができないため、税務署から照会（お尋ね）が来ると思われます。
そうなった時は、別居の状況や実態を説明すれば、どちらが扶養控除の適用者か税務署側で判断されます。

先生、ありがとうございます。
もし、夫が先に年末調整で子供を扶養控除した場合、私が確定申告で息子を扶養控除することは可能ですか。
その場合も、税務署は照会してくれますか。
税務署の照会は、夫は年末調整でしたら会社に入るのでしょうか。

重ねて、ご教示いただきますようお願い申し上げます。

確定申告が必要な場合は別ですが無理に確定申告せず、年末調整で扶養控除すれば良いと考えます。先に申請した方が優先されるものではありません。あくまで事実に基づいてです。

また、税務署からの確認は、意見を聞くため双方に入るのではと思われます。双方の意見を聞いた上でどちらの扶養控除になるのかは税務署の判断になります。ですので、旦那様が先に扶養控除をされたからといって、質問者様の扶養控除申請自体を認めないものではありません。

いずれにせよ、年末調整までに解決してどちらの扶養に入れるのか決まるに越したことはないです。