医療控除の確定申告での扶養が変更になったことにについて

ご主人さんの方が既に扶養を外す旨の書類を提出済みの場合、扶養の所属の変更が完全に成立してしまっており、元に戻すことはできません。
この場合の書類とは、ご主人さんに係る確定申告書もしくは扶養控除異動申告書のことを言います。

これらの書類を出していない場合は、奥さんの方から扶養控除を外す旨の修正申告書を提出すれば結構です。

ご主人→年末調整でお子様を扶養親族とした
奥様→確定申告で誤ってお子様を扶養親族にしてしまった
という状況かと思われます。
でしたら、奥様の申告が誤っていた、ということでお子様を扶養親族から外した修正申告書を提出されれば問題ないと考えます。