ダブルワークで2ヶ所に扶養控除申請書を提出してしまった

1.扶養控除等申告書は、１か所にしか提出できないことになっていますので、本来であれば勤務中にどちらか一方を取下げなければなりません。
2.すでにどちらか一方を退職されているのであれば取下げるわけにはいきませんので特に伝えなくてもよいと思います。翌年に確定申告をすれば問題ないと思います。

来年の3/15までに今年分の確定申告をすれば、結果的に所得税の額は正しくなりますので、そこまで問題はないでしょう。

例えば、副業禁止であるA社とB社に税務調査が入ったとします。
そうすると、どちらかを乙蘭で源泉徴収をし直してください、という指示が入ります。
その結果、差額分をA社かB社がご質問者様に請求する流れとなります。
その際に、ご相談者様が確定申告をした旨を税務調査官に伝えると追徴税額がなくなります。
税務調査に入る確率は低いですが、もし入った場合は副業禁止の規則は破ったことはばれてしまいますね。
しかし一方はもうやめられているので、あまり心配はいらないかとも思います。

出澤先生、大森先生、ご回答ありがとうございます。
どちらも簡潔で分かりやすかったので、一方をベストアンサーとせず、返信という形を取らせていただきました。

自分で確定申告をすれば大丈夫だということなのですね。