扶養されていない夫の確定申告に扶養家族にされていた場合

扶養の氏名のみならず、子供さんが16才以上で申告書の扶養控除欄に金額が入ってるものと仮定してお答えします。(16才未満なら扶養控除金額0円で問題なるケースは少ない可能性が高いので、説明割愛します)
扶養については両者で同時にとることはできません。
質問者様の方でも扶養控除とられてるならば、質問者様、パートナー様、いずれか修正申告なります。
娘を扶養しているのは私で、自分自身で[全て]賄ってるという文面から、パートナー様の方で修正申告の可能性が高いと思います。
(パートナーさんも扶養控除取るための要件満たしてるのかもしれませんけど…。)

税務の処理はいずれかで修正申告する…以上です。
ここからは余談です。

働き場所によっては扶養あるから家族手当てがついてる可能性はあります。パートナーさんの扶養控除を取り上げたら給料さがる可能性ないですか？確定申告というので、自営業の可能性高いと思いますが、確定申告必須の勤務者かもしれませんので…。
いずれにしても、パートナー様の税金控除後のお金が少なくなることで生活苦しくなり、質問者様の貰いたいものが貰えない少なくなる可能性もあります。
どちらから扶養控除外すのがいいのか、よくよく話し合う？(考える？)ようにするのがいいかと思いますよ。