扶養の妻に２００万の収入があった

社会保険は年間見込収入が130万円を超える場合は被扶養者から外す手続きが必要になります。
また、税金面では配偶者の所得が38万円を超えると配偶者控除を外す手続きが必要になります（配偶者の所得金額（123万円以下であることが条件)に応じて配偶者特別控除を受けることができます）。
訂正分の配偶者控除等申告書を勤務先に提出して再年末調整を依頼するか、それができない場合には、確定申告によって、配偶者控除を外すことができます。

その結果、奥さんは国民健康保険と国民年金に加入するとともに、確定申告によって、所得税や住民税を納付していただくことになります。

「ネットで物を売買」ということでしたら、仕入原価もそれなりにあったのではないでしょうか？所得＝売上－経費ですので、昨年の所得(利益)が38万円以下でしたら、年末調整には影響はありませんし、奥様の確定申告も必要ないこととなります。
健康保険の扶養については収入(売上)の見込で判断される場合が多いですが、奥様の場合どのように判断するのか、健康保険組合に確認してみてください

ご回答ありがとうございます。
売上から経費引いた純利益が２００万という話です。
年末調整の再調整が必要という事は分かりました。
妻が国保、国民年金加入も分かりました。

もう一つ質問です。
社保は普通に外すだけで大丈夫でしょうか？
昨年１年遡って何か請求される事はありますか？

さかのぼって扶養を外れた場合、その期間に健康保険証を使い病院にかかっていると、健保が負担した分の医療費を返還する必要がでてくると思いますが、いつまでさかのぼり、いつから外れるかは組合（運営団体）の判断になると思います。