住宅購入資金に関わる贈与税について

令和４年分の贈与税の申告は、昨年で終了です。
なお、令和６年のローン控除の申告では、贈与資金を考慮して計算します。
例えば、5,000万円の住宅で5,000万円のローンを組んだ場合。
贈与資金を先取りします。
結果、ローン控除は4,500万円で計算します。

住宅の取得対価の額が、契約書では3000万円なのですが、e-taxで入力する際には2500万円として申告するのでしょうか？
それとも、自己資金500万円として申告するのでしょうか？

2,500万円として入力してください。

e-taxにて、「贈与を受けた金額」を入力する画面があるので、そこに500万円を入力しました。
その状態からさらに契約書面に記載されている家屋の対価から500万円を引いて入力すると、二重に引いてしまうことにはなりませんか？

e-TAXでの入力では、機械が判定をしてくれますから、家屋の対価の金額は、そのまま入力してください。
機械上の判定とは、
　3,000万円の住宅－500万円の贈与資金＝2,500万円の負担
これと、
　ローン金額との比較で、どちらか少ない金額がローン控除の対象金額です。
ご指摘のとおりステムで入力する際には、そのままの金額で大丈夫です。