住宅ローン控除の居住用部分の床面積について

謄本は非常に参考となりますが、絶対ではありません。
税務は実態で判断致します。しかし謄本と図面との差額があまり変わらなければ、少額不追及の原則からしてどちらを採用しても問題にならないと思います。

住宅ローン控除における床面積の判断基準は「登記簿に表示されている床面積により判断します。」と国税庁ＨＰに記載されています。
以下の2住宅借入金等特別控除の適用要件、（3）（注）イをご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1213.htm

別府穣先生、前田靖先生
御返事ありがとうございます。
共用部分（１Ｆの玄関と階段）が11.5㎡程ありますが、謄本の２Ｆ床面積が居住用部分でも問題ないでしょうか。
また、事業所得の家事按分を建物の取得費や光熱費を50％で計上していますが、こちらも問題ないでしょうか。
度々申し訳ありませんがよろしくお願い申し上げます。

謄本での判断となりますので、共用部分についてはこの場で明確にお答えすることができません。
家事按分について何％といった明確な基準があるわけではございませんので、ご相談者様が合理的に説明できる割合で計上していただく必要があります。
この場で個別具体的な判断をさせていただくには限界がございますことをご了承ください。

住宅借入金等特別控除の適用要件
↓
新築又は取得をした住宅の床面積が50平方メートル以上であり、床面積の2分の1以上の部分が専ら自己の居住の用に供するものであること。
（注） この場合の床面積の判断基準は、次のとおりです。
イ 床面積は、登記簿に表示されている床面積により判断します。
ロ マンションの場合は、階段や通路など共同で使用している部分（共有部分）については床面積に含めず、登記簿上の専有部分の床面積で判断します。
ハ 店舗や事務所などと併用になっている住宅の場合は、店舗や事務所などの部分も含めた建物全体の床面積によって判断します。
ニ 夫婦や親子などで共有する住宅の場合は、床面積に共有持分を乗じて判断するのではなく、ほかの人の共有持分を含めた建物全体の床面積によって判断します。
 ただし、マンションのように建物の一部を区分所有している住宅の場合は、その区分所有する部分（専有部分）の床面積によって判断します

このことを言ってらっしゃるのですね？
この内容に
店舗や事務所などと併用になっている住宅の場合は、店舗や事務所などの部分も含めた建物全体の床面積によって判断します。

上記は『住宅借入金等特別控除の適用要件』
における面積判定に関しては登記簿謄本によることです。あたりまえのことです。
ご質問者様はローン控除の適用を前提に居住用、非居住用の面積按分をどうすればよいか。と私は解釈しました。
なので、実態でご判断されるようにと回答いたしました。
早合点されないように。