住宅ローン　共有名義での口座について

理論的には、各々の口座から引落がされればいいと思います。

しかし、現実的には、金融機関が、代表者の口座から一括で引き落とす、というパターンが多いかと思います。

通常、共有取得の場合は、連帯債務になることが多いと思います。
そして、連帯債務の場合は、その中から代表債務者を決めて、その方の口座から引き落とすことが一般的だと思います。

一方、理論的には、共有取得の場合で、それぞれの持分に応じた額を、それぞれが、単独債務者として、複数の住宅ローンを組むことも考えられますが、これまで、多数の住宅ローン控除の申告を見てきた経験上、そのような形式のローンは見たことがないので、おそらく、実務上、金融機関は、そのような方法を採用していないのではないかと思います。

なお、連帯債務で、いずれかの債務者の口座から一括してローンの引落を受ける場合であっても、共有持分に相当する金額は、それぞれが負担されることが望ましでしょう。

夫婦間であっても、負担なく不動産の持分を取得した場合には、それを贈与として認定される可能性があるからです。