住宅ローン控除

別居している場合の取り扱いについて、「家屋の所有者が、転勤、転地療養その他のやむを得ない事情により、配偶者、扶養親族その他生計を一にする親族と日常の起居を共にしない場合において、その家屋にこれらの親族が入居しその後も引き続き居住しており、当該やむを得ない事情が解消した後はその家屋の所有者が共にその家屋に居住することと認められるときは、その家屋の所有者が入居し、その後もその家屋の所有者が引き続き居住しているものとして取り扱われ、この特別控除等の適用を受けることができます。」となっています。
したがって、通勤できるようになった場合には本来の住居に戻るのであれば、住宅ローン控除は引き続き適用できます。

異動で部署が変わり残業が増えたので会社の近くにアパートを借り平日はそこで生活をすることが、やむを得ない理由になるかどうかだと思います。最終的には、所轄の税務署の判断になると思います。