準確定申告の医療費控除 還付金について

１）医療費控除は、自分または自分と生計を共にする親族の医療費を支払った場合に、その全額を支払った人の所得控除とすることができる制度となっています。
ご質問の内容から、「故人の財産から家族が代って支払っていた」とのことですので、故人様が負担されていたと認識して回答いたしますと、故人様が生前に、自分の医療費を、または生計一の親族の医療費を負担されている場合には、故人様の準確定申告で医療費控除することができます。

２）還付金は医療費控除の結果で戻ってくるものですので、還付金を医療費から差し引くことはしなくて大丈夫です。医療費控除の計算には一切考慮する必要はありません。支払った金額だけで計算します。
なお、亡くなった方の税金が、死亡日以降に還付金された場合は、その方が生きていれば本人が受け取るべきお金ですので、故人様の「財産」となります。したがって、故人様の相続税を計算する際には「未収金」として相続財産に計上する必要がありますのでご注意ください。