個人事業主がアルバイトをした場合の確定申告の仕方

アルバイト収入は本業の売り上げに加算するのでしょうか？

質問者様とアルバイト先の契約状況が良くわかりませんが、アルバイト代は通常、本業の売り上げ（事業収入）ではなく給与収入かと存じます。退職時に給与所得の源泉徴収票をもらいませんでしたでしょうか？アルバイトの広告を見られて面接を受けてご採用されたのであれば、給与所得かと存じます。

アルバイトに必要で大型特殊免許と資格を取りました。この費用は経費（福利厚生費）として経費で落とせるでしょうか？

大型特殊免許がこれからの事業に必要であれば、経費にすることは可能かと存じます。
事業に関係しないのであれば、経費にはなりません。
アルバイトをしていた期間はサラリーマンのような給与所得控除が受けられるのでしょうか？

先に書きましたようにアルバイト代は給与収入かと存じますので、給与所得控除は受けられると思います。

寺尾先生、早速の回答ありがとうございました。アルバイトは知り合いの個人事業主さんの仕事を手伝うという口約束で仕事をしました。特に雇用契約を結んだわけではなく、所得税も引かれていませんし源泉徴収票などはもらっていません。免許に関しては私の本業にはほぼ関係なく、このアルバイトのために必要でとりました。

ご状況の詳細が分かりかねますが、伺った内容から給与のように見受けられます。ただ、給与であれば、源泉徴収票を発行して頂けると思います。
一度、その個人事業主さんに問い合わせて見てください。
給与（事業所得）でないとなった場合、雑所得で申告して下さい。雑所得は必要経費を控除できますので、免許代を経費として申告して頂ければ結構です。

寺尾先生、ありがとうございました。