年末調整に誤りがあった場合の確定申告について

私の分かる範囲で記載させて頂きます
参考になれば幸いです

ご質問の内容について時系列で確認します。
１． ２８年分の源泉徴収票を受領（訂正前）
２． １．を基に確定申告（住宅ローン控除）を行い還付を受ける
３． １．の計算が間違っていたので、新しい源泉徴収票を受取り再度還付を受ける。
以上であるのなら、２．の確定申告について訂正を行う必要の可能性があるとの回答になろうと考えます。

というのが
当初の確定申告は１．の源泉徴収票により行われています。
仮にその源泉徴収票に書かれていた源泉徴収税額が５万円で、住宅ローン控除額が７万円であると、給料から差引かれた全額の５万円が申告により還付されます。

しかし、その源泉徴収票の５万円が間違いだったとして、会社から１万円還付されると、実際の源泉徴収税額は４万円であり、結果として１万円多く返したもらったことになります。

これは一例ですので、実際のところは確定申告書の控えと新しい源泉徴収票を比べて再計算してみないと判らないこととなります。

詳しくはお住いの税務署にて確認してもらうこととなります。

尚、質問の理解が間違っていましたらご容赦ください。
では、参考までに

早速ご回答を頂きまして、誠にありがとうございます。
追記をさせて頂いて宜しいでしょうか。

内容は、時系列で表記頂いた通りです。ありがとうございます。
説明が不足しておりまして、申し訳ございません。
もう少し補足をさせて頂きますと…。

1・の時の年末調整では、「特定扶養親族の控除」を漏らしていたので、
3・の再:年末調整では、課税所得が下がり、算出所得税額も確定税も下がりました。
それで当初の年末調整との差額を、会社が返金してくれました。

2・で行った確定申告書A表の控えに、
3・で受け取った源泉徴収票の金額を当てはめて計算し直した結果。
確定申告書A表㊵の金額が、当初▲199000円だったのに対し、▲199100円になりました。
と言う事は、確定申告に行くと、あと100円が返金されてくると解釈しました。

この場合でも、やはり確定申告にもう一度行かなければいけないのでしょうか
これくらいの金額なら、もういいかな、と思っています。
ただ、この返金を受け取らない（修正申告に行かない）とした場合の、
2回目以降の住宅控除について。
特にすでに受け取っている「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」
に影響が出るのかがわかりません。

申し訳ございません。
よろしくお願い致します。

返信が遅くなりました。

「当初▲199000円だったのに対し、▲199100円になりました。
と言う事は、確定申告に行くと、あと100円が返金されてくると解釈しました。」

と、言うことであれば、あえて修正申告しなくても問題はないと思います。
只、税務署からの問い合わせがあった場合に備えて、今回の書類は保管しておいてください。

それと、今後の「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」の使用については、今回の件は影響ありません。

では、参考までに

ご丁寧に何度も教えて頂きましてありがとうございました。
とても勉強になりました。