株式売却益と扶養控除・確定申告について

株式が含み益を45万円程抱えていて、

確定申告の要不要と、配偶者控除又は配偶者特別控除は分けて考える必要があります。また、社会保険の扶養も分けて考えます。

社会保険の扶養は、定期的な収入で判定するため、株式譲渡益は考える必要はありません。給与だけで判断するため扶養はそのままです。

45万円の譲渡益を実現させたとして、納付税額はどうなるのでしょうか？
所得は、給与所得85万－55万＝25万
株式譲渡益45万円。
所得控除は基礎控除だけだとして、48万円。
給与所得優先で控除しますので、残るのは、株式譲渡益22万円。
算出税額　220,000×15％＝33,000
税額が出るので、次に検討します。

この口座は、次のどれでしょうか？
・一般口座
・特定口座、源泉なし
・特定口座、源泉有り

他にNISA口座もありますが、コレは非課税口座です。

申告が必要なのは、「一般口座」、「特定口座、源泉なし」です。
「特定口座、源泉有り」は申告不要制度があります。申告しなくても構いませんし、申告しなければ、譲渡益は所得になりません。
ただ、450,000×15.315％＝68,917の所得税、45,000×5％の住民税が引かれているので、確定申告すれば還付が受けられます。

税法の扶養というか、配偶者については、配偶者控除又は配偶者特別控除です。この控除は、配偶者の所得要件のほか、所得者の所得要件1,000万円以下もありますので、所得者の所得が1,000万円を超えていれば受けられません。
それ以下の場合、900万円以下、950万円以下、1,000万円以下で控除額が異なります。
話がややこしくなるので、所得者の所得が900万円以下に限定して回答します。

配偶者の所得は、「一般口座」、「特定口座、源泉なし」と「特定口座、源泉有り」で株式譲渡益を申告した場合、25万＋45万＝70万円です。この場合、配偶者特別控除38万円が受けられます。

「特定口座、源泉有り」で株式譲渡益を申告しない場合、所得は25万円で、配偶者控除です。配偶者の年齢が70歳未満なら、38万円、70歳以上なら48万円の所得控除です。

なお、年末調整した給与所得がある場合、他の所得が20万円以下の場合は確定申告しなければそのままでいいという規定がありますが、コレはこの文章とおりで、基礎控除48万円は引かずに判定します。
他の所得は、株式譲渡所得45万円です。
ただし、「特定口座、源泉有り」は株式譲渡益は確定申告しないこともでき、しなければ他の所得は0円です。

ご回答ありがとうございました。
配偶者は、特定口座源泉徴収無しの口座になります。
また、私の所得は900万円以下になります。

妻は確定申告して、22万円✕15.315％=33693円納付
私の確定申告で妻の所得を70万円として、配偶者特別控除を受けるというのが、１番ベターという事でしょうか？

また、株の売却益に関する住民税について、妻は申告不要という事でしょうか？

所得税を確定申告すれば、住民税も申告したことになります。
あらためて、住民税の申告は必要ありません。

所得税の納付額の計算はそのとおりですが、納付税額は百円未満切り捨てです。所得税は、33,600円となります。

＞私の確定申告で妻の所得を70万円として、配偶者特別控除を受けるというのが、１番ベターという事でしょうか？
→　そのとおりです。

特定口座の源泉有り、ナシの選択は、その年の最初の譲渡前に行います。今年、まだ、売却していなければ、変更も可能ですが、特定口座源泉有りを選択しても、確定申告することが有利ですから、あえて、源泉有りを選択するメリットを感じません。

ご丁寧な回答ありがとうございました。