数年かけて制作しているゲームの経費の帳簿の付け方について

個人事業主としてゲーム開発をしているのであれば経費として計上してください。そのゲームが完成するかは誰にも分かりませんし、完成させるために日々頑張っているのでしょう。
事業も同じで、成功するかわからない中で経費を支出し売上を出してます。
そのため、不確実であってもゲーム制作のために支出した費用は経費計上してください。ただし、必ずゲーム開発に紐付ける必要がありますので、それがわかるように記録を残しておく必要はあります。

寧ろ将来の収益と結びつくか不明な時点での支出は研究開発費として経費化されます。
同人ゲーム制作においては、
試作品の完成までにかかった制作費：研究開発費（経費）
試作品完成後、製品版の完成までの機能強化や改良にともなう制作費：ソフトウェア（無形固定資産）
として処理することになるかと存じます。

◆ご参考
・ソフトウエアの取得価額と耐用年数
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5461.htm

いわゆる開発費用の取り扱いに関するものです。ゲーム完成前に発生する素材やプラグイン等の購入費用は、販売を目的とした事業活動の一環であることが明確であれば、「繰延資産」や「仕掛品」として資産計上するのが原則となります。

ただし、金額が少額で、かつ継続的に発生するものであれば、発生時に経費処理することも一定の合理性があります。この場合、制作中止となっても、事業性が認められる範囲内であれば、虚偽申告とはなりません。

帳簿上は「消耗品費」や「制作費」として仕訳し、備考欄等に「同人ゲーム開発用」と明記しておくことで、後の説明にも備えられます。判断に迷う場合は税理士への相談が望ましいです。