準確定申告　申告後に貸倒処理はできますか？

ご質問の駐車場の未収入金の貸倒損失の取扱いにつきましては、次の2つがポイントと考えます。
【1】不動産所得の規模が、事業的規模かどうか？
【2】未収金が回収不能になっているかどうか？

それぞれ、内容と根拠条文を記載しましたので、ご参考にしてください。

【1】事業的規模かどうか？
賃貸料等の回収不能による貸倒損失については、
① 「事業的規模の場合」は回収不能となった年分の必要経費に算入しますが、
② 「それ以外の場合」は収入に計上した年分までさかのぼって、その回収不能に対応する所得がなかったものとして、所得金額の計算をやり直します。
（所得税法51条、所得税法64条）
なお、この規模の判定は実態を見て判断されますので注意が必要です。駐車場の場合には概ね50台以上が事業的規模と一般的にみなされます。

ご質問の文面からは規模がわかりませんが、事業的規模でない場合には、収入に計上した年分までさかのぼって、その回収不能に対応する所得がなかったものとして、所得金額の計算をやり直すことになります（上記②のケース）。従って、お父様の準確定申告の更正の請求を行うことになると考えます。

【2】回収不能かどうか？
貸倒損失には次の要件があります。要件に該当していれば必要経費になります。税務署から確認されてきたのは、次のどのケースを根拠にしているかという事の確認だと思われます。
1.法律上の貸倒（所得税法基本通達51-11）
法的に倒産した場合で、債権者集会等により切捨てが決まった金額が必要経費になります。
2.事実上の貸倒（所得税法基本通達51-12）
相手の資産状況などから判断して、全額回収不能となった場合の金額が必要経費になります。
3.形式上の貸倒（所得税法基本通達51-13）
取引停止後1年経過した場合に、備忘価格1円を控除した金額が必要経費になります。

宜しくお願いします。

　返信して頂きありがとうございました。
民事再生法の適用を受け、再建説明会において債権は弁済されない、という旨の書類を更正の請求と一緒に税務署には提出しました。【2】1.のケースに該当してると考えます。
　事業的規模か否か、という点ですが、トラック約10台の置き場として賃貸していました。この規模を事業的と判断するのか、税務署に確認しようと思います。
　もし、被相続人の準確定において貸倒損失が認められないならば、相続人3人で貸倒を按分して確定申告の計算という流れになると考えています。
　体現参考になりました、税務署の方に相談したいと思います。ありがとうございました。