過去年度の還付申告における、ふるさと納税の還付について
2016年度の還付申告を考えており、確定申告書を作成しています。(当時は会社の年末調整で済ませており、ふるさと納税はワンストップ申請をして翌2017年の住民税が控除済の状態です)
過去の2016年度分の確定申告書を作成するにあたって、ワンストップ申請をしたふるさと納税についても入力が必要と税務署から聞きましたので、ふるさと納税の入力を行いました。
その際、ふるさと納税を入力したことによって所得税が還付されることになりましたが、既に住民税(2017年)で控除を受けている状態だと思います。
このままですと、所得税の還付の分だけ2重に還付を受けてしまうような気がするのですが、確定申告の入力の仕方がおかしいのでしょうか?それともこの状態のままで特に問題ないのか教えて頂きたいです。
税理士の回答

興味がわいたので調べましたが、再計算して住民税を別途納付することとなります。
http://www.city.tateyama.chiba.jp/zeimu/page100037.html
見出し「ワンストップ特例が無効時の手続き等」
下記の記載がありました。ご回答、ありがとうございます。税額を計算するのは市町村で再計算してくれて納税通知書が送られてくるという認識ですが、もし違っていましたらご指摘ください。
住民税の賦課決定時にワンストップ特例制度を利用していた者が、期限後に確定申告(還付申告含む)
を行った場合、申告特例申請は無効となります。住民税で税額控除をしていた所得税相当額の申告特例
控除等はなかったものとして改めて個人住民税の計算をし、別途納付書で納めていただくこととなります。
本投稿は、2019年03月09日 21時51分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。