会社側で個人事業主扱い→退職後も個人事業主である場合の対処法

会社に確認しておくべきことは、
①どのような申告をしていたのか。過去3年分の申告書控えと青色決算書控えをに入手する。
②青色申告か白色申告か。青色申告していたのであれば青色申告の取り止め届と廃業届けの提出の有無

仮に、青色申告取り止め届と廃業届が提出されていなければ、そのまま青色申告を続ければいいのですが、両書類が提出済みの場合はその提出時期にもよりますが、白色申告をしていただき、再度青色申告を希望するのであれば再提出していただくことになります。
※仮に貸借対照表が作成されていたり、減価償却費の計算がされていたら、引き継ぎが必要になります。
いずれにしても、ご質問の内容は事実関係次第で対応が変わってきますので、所轄の税務署で相談していただくことをお勧めします。

ご返答ありがとうございます。

＞ご質問の内容は事実関係次第で対応が変わってきますので
こちらに関してですが、具体的にどのような内容に対しての対応なのでしょうか？

また廃業届は出されておらず引き続き青色申告で問題ないとの答えを会社から貰ったのですが、税務署に相談する際はどういった旨を相談すればいいのでしょうか？

会社に問合せすることですべての事実関係が分かれば問題はありませんが、税務署に問い合わせしなければ分からない場合もあり得るということを申し上げたものです。
また、廃業届と青色取り止め届が提出されていないとのことですが、過去の申告書や決算書の控えは確認できたのでしょうか。
まずは、それを確認してもらって、貸借対照表が作成されていたり、減価償却費の計算がされていたら、来期に引き継ぎが必要になります。
もし、貸借対照表の作成がなく、減価償却費の計算もされていなければ、税務署に問い合わせせずに、引き続き、確定申告してもらったら結構です。
仮に、控えの保存がなく貸借対照表と減価償却費の状況が分からなければ、税務署で申告書と決算書の現物を見せてもらってください。
その場合、本人確認書類の提示や閲覧申請書の提出を求められる可能性がありますので、事前に電話で確認しておいてください。
なお、税務署に問合せする時に、申告名義貸しをしていたことを話すと、会社に火の粉が飛ぶことになりますので、ご注意ください。