副業先が、年末調整をしてしまいダブルで年末調整をしてしまった

給与二箇所ともにそれぞれで年末調整したということですと、合計したところでの税金の精算ができていないことになります。
したがって、確定申告によって税金の精算手続きをしなくてはなりません。
年収が実際の倍近くなるというのは社会保険料や税金が引かれているために手取りが少ないということだと思いますが、それは当然のことです。
何かいい手段がないかということですが、年末調整した以外に所得控除できるものがあれば確定申告の際に申告することは可能ですが、それ以外に税金を減らしたり、確定申告せずに放置したりすると、税務署から申告の必要がありますとの連絡が来ることになり、無申告加算税や延滞税などのペナルティーを本税以外に納めることになりますので、申告期限までに申告されることをお勧めします。
なお、今年から副業先には、乙欄課税で税金を徴収してもらえるように申し出てください。

年収が実際の倍近くなる
→本業で本来の年末調整
　副業先で本業分もひっくるめての年末調整
ということです。
なので、倍近い収入ということになります、、、。

それであれば副業先で税金の精算はできてると思いますよ。

本来は本業先で副業分を含めて年末調整したのであればいいのですが、逆ということですと、住民税は本業分を含めて副業先に特別徴収額の通知が行くことになり、本業先も給与支払報告書を市役所に提出することになれば大変なので、
①まずは、本業先と副業先に給与支払報告書を提出したかどうかを確認する。
②提出されておれば、市役所の市民税担当に電話して、給与支払報告書の提出が重複している旨を伝える。
併せて、市民税の納付方法を相談する。
対応をしてください。

副業先は毎年確定申告をしていました。
なので、今年もそのつもりでした。
ちなみに、本業と副業あわせて、だいたい総額550万ぐらいなのに、
書類上総額870万の給与支払いを受けたことになってしまいます。
一度市民税担当者と話をしてみます。