日本法人海外支店勤務且つ日本居住者の確定申告

会社で税金とか社会保険とかどうするつもりなのかまず確かめてから相談したらどうでしょう。あなたが勝手に決めても、会社がそうしてくれなかったら意味がないように思います。

ご返答ありがとうございます。
会社としては私が日本に居住しながら海外支店の籍のままでも問題ないと言っています。
保険は国保、年金も国民年金になります。
ただ、私個人の確定申告の方法についてはわからないとの事なのでここに相談させていただきました。

海外支店の籍とか本社の籍とかいうのは会社のなかの話で、労災とかあったときいまのままでは対象外になってしまうのですが、一度年金事務所とか監督署でそういうことでいいのか相談したほうがいいと思います。会社との契約が雇用契約なら、自分で給与明細をたし上げてもいいですし、年間の給与総額表をもらってもいいと思いますが、自分で給与として確定申告すれば特に問題はないと思います。