確定申告後の還付金額はどのような計算で決まるのか？

あなたが給与所得者であれば、確定申告というのはいわば年末調整の再計算です。
ふるさと納税の寄付金控除などの年末調整ではできない控除を確定申告で行い、払い過ぎた源泉徴収税額を還付してもらう手続きです。

なお、ふるさと納税により今後、住民税が減額されて通知される可能性があります。

ふるさと納税は、翌年分の市県民税の減額が主です。
ただ、所得税の「寄付金控除」に該当するため、一部が、所得税が安くなります。

本来の減額は48,000円です。（2,000円は負担）

所得税が6,000円ということは、あと、市県民税の減額は42,000円です。
48,000円の控除に対し、6,000円ということは、率が12.5％です。12.5％なんて税率は所得税にありませんから、10％と20％の境目だったのでしょう。この境目は課税金額330万円です。
市県民税の所得割の20％は48,000円を超えていますので、所得税と合わせて48,000円が減額されます。正確には、端数処理の関係で、ピタリ48,000円にはならないと思いますが。