「株損失繰越」と「ワンストップ特例」

　質問者の方は、H30年・R元年分の「ふるさと納税ワンストップ特例」の適用を受け、所得税からの控除は発生せず、ふるさと納税を行った翌年（令和元年・2年）の6月以降に支払う住民税の減税という形で控除が行われることとなります。
　これから株式譲渡の申告のためにH30年・R元年分の確定申告をする場合は、所得税と住民税の両方から控除を受けることとなりますが、寄附金による減税額はトータルでは変わりません。
　H30・R元年分の確定申告（株式譲渡・寄付金控除）をすれば、自動的に住民税の決定、又は、変更決定が行われ、減税額が調整されることになります。

ところで、上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除をうけるためには、
イ　譲渡損失の金額が生じた年分の所得税につき、「所得税及び復興特別所得税の確定申告書付表」、及び「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」の添付がある確定申告書を提出すること。
ロ その後において連続して「所得税及び復興特別所得税の確定申告書付表(上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除用)」の添付のある確定申告書を提出することが必要です。
申告書を提出する順序を間違わないようご注意ください。
参考　https://www.nta.go.jp/m/taxanswer/1474.htm